
【ストーリー】
突如外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。太陽系内の各惑星をその光球飛行物体が通り過ぎていくと、各惑星の前線基地からの通信が何故か途絶えていってしまう。光球飛行物体は急速に地球に接近し、地球側も迎撃ミサイルで応戦したが、とうとう地球上に降り立ってしまう。それは何と超大型ミサイルだったのだ。そして後から突然謎の大艦隊が地球に押し寄せてくる。地球艦隊はいきなりの奇襲攻撃に為すすべも無く壊滅し、地球はどんどん制圧されていく。
そんな中、古代達ヤマトの乗組員達は各々の死地から辛くも逃れ、沖田艦長の眠る英雄の丘に集結し、森雪のもたらした極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に残ることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、なんとそこにはヤマトが隠されていたのだった。だが、地球は首都を含む全土が「暗黒星団帝国」に制圧されてしまう。
「暗黒星団帝国」はヤマトの在処を示せと要求してくる。そして謎の超大型ミサイルは重核子爆弾(ハイペロン爆弾)であり、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。ヤマトの乗組員たちはこの超大型ミサイルの起爆コントロールが敵母星であることを突き止めると、この爆弾の爆発を阻止するため、暗黒星雲の彼方へと航海に旅立つのだった。
「暗黒星団帝国」の文明は高度に機械化が進んでいるため、人間も頭部以外はすべて機械で構成されていた。その種としての衰退を地球人の肉体を手に入れる事によって克服するため、脳細胞のみを破壊する重核子爆弾を送り込んできたのであった。重核子爆弾の起爆コントロールは二重化されており、地球上にある重核子爆弾本体の起爆システムを解除した後、暗黒星団帝国本星の起爆装置を無力化せねばならない。そのため、地球ではパルチザンに参加した森雪がシステムを解除、暗黒星団帝国本星をヤマトが波動砲で破壊することで、地球は救われた。
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